Die Entstehung von Wächtersbach geht zurück auf die Erbauung der Stauferburg in Gelnhausen im 12. Jahrhundert.
Die Burg Wächtersbach diente als Jagdstützpunkt für die deutschen Kaiser und als Schutz der östlichen Grenze des Reichsforsts Büdinger Wald. Aber erst 1236 erfolgte die erste Erwähnung von Wächtersbach in einer Urkunde von Kaiser Friedrich II. als „Weychirsbach“ („der den Bach speisende Weiher“).
Die Herrn von Büdingen verwalteten als Lehnsherren des Reichforstes Büdinger Wald auch Wächtersbach. Als um 1245 die Erben im Mannesstamm ausstarben fiel das Erbe an die vier Schwiegersöhne von Trimberg, von Breuberg, von Hohenlohe, von Kempenich und an einen Neffen von Ysenburg. Die Linie Ysenburg übernahm schließlich Wächtersbach und Johann II. von Ysenburg erhob 1404 Wächtersbach zur Stadt.
Kaiser Friedrich III ernannte 1442 Dieter von Ysenburg zum Grafen. In dieser Zeit erbaute man die Stadtmauer mit 3 Tortürmen und Mauerwölbungen. 1514 wurde an die Kirche ein Wachturm angebaut, der heute noch als Kirchturm zu sehen ist. Um 1544 führten die Ysenburger die Reformation ein.
Der Dreißigjährige Krieg dezimierte die Einwohner Wächtersbachs durch Plünderungen und Überfälle um 70 %.
Die neu gegründete Linie der Grafen zu Ysenburg und Büdingen-Wächtersbach nahm 1687 Wächtersbach zur ständigen Residenz.
Im Jahr 1806 wurde die Herrschaft dem Fürstentum Isenburg-Birstein-Offenbach unterstellt, das durch Fürst Carl dem Rheinbund beigetreten war. Zehn Jahre später, nach Auflösung des Rheinbundes ging Wächtersbach dann an das Kurfürstentum Hessen-Kassel und mit diesem 50 Jahre später, im Jahr 1866 an das Königreich Preußen.
1865 erhob Friedrich Wilhelm I. die Grafen von Ysenburg und Büdingen-Wächtersbach in den erblichen Fürstenstand. Die Nachkommen von Ferdinand Maximilian III. beanspruchten nun den Fürstentitel und hatten das Recht, ihr Hauswappen mit fürstlichem Hut und Mantel zu schmücken.
1867 erfolgte die Fertigstellung der Eisenbahnlinie Hanau- Frankfurt, bereits ein Jahr später die Erweiterung bis nach Bebra. 1898 wurde die Vogelsberger Südbahn von Wächtersbach nach Birstein/Hartmannshain erbaut und 1901 nahm die Bad Orber Kleinbahn ihren Betrieb auf. Mit diesen wichtigen Verkehrsanbindungen ging dann ein wirtschaftlicher Aufschwung einher. Vor dem 2. Weltkrieg lebten bereits 1578 Menschen in Wächterbach, nach dem Krieg wuchs die Stadt auf Grund von Flüchtlingen, Vertriebenen und Evakuierten auf über 3000 Personen.